No coração do centro histórico, na rua das Flores, emergiu uma das mais importantes instituições da cidade do Porto; a Confraria da Nossa Senhora da Misericórdia fundada em Março de 1499, seguindo a recomendação e apelo do rei D.Manuel I ao mais importante homem bom da cidade. Após várias décadas de existência, a confraria estava instalada no claustro da Catedral, e em 1550 dia 24 de Junho instalou-se permanentemente na nova rua da cidade a Rua de Santa Catarina das Flores, aberta em 1521. Aí a confraria constroi o hospital e uma igreja em estilo renascimento, cujos trabalho irão se prolongar até 1590. Foi importante a influência do fidalgo D.Lopo de Almeida amigo de Filipe I e defensor da união das duas dinastias.
Do templo original pouco resta, a ruina degradou-o a tal ponto que foi reconstruido apartir de 1740 baseado na opinião de vários especialistas incluindo Nicolau Nasoni. Do templo original ficou apenas a capela-mor, todo o arco que suporta o coro alto e a fachada foram obra de Nasoni.

1548-1564 Corpo da Igreja
1584-1590 Capela-mor Manuel Luis
1754-1779 Fachada Nicolau Nasoni

Igreja da Misericórdia reformada no séc. 18, em estilo barroco, de planta retangular composta por nave e capela-mor, com fachada principal organizada em dois registos, tendo no primeiro galilé aberta por três arcos, e o segundo rasgada por dois vãos, enquadrados por decoração exuberante, conservando a capela-mor maneirista, interiormente circular organizada em dois registos, ritmada por colunas caneladas e coberta por abóbada de quarto de esfera em caixotões. A capela-mor segue, miniaturalmente o esquema da capela-mor do Mosteiro dos Jerónimos, construída por Jerónimo de Ruão entre 1565 e 1572. Possui retábulos de talha e decoração de estuque e azulejos em estilo neoclássico. Segundo Francisco de Almeida e Sousa e Casimiro S. Arsénio, quando se procedeu à abertura da R. de Santa Catarina das Flores (actual R. das Flores), quase todo o terreno era ocupado pelas hortas do Bispo. Umas estavam aforadas à própria Mitra, outras ao Cabido. Foi determinado pelo Bispo que cada nova casa a construir na nova R. fosse marcada nos cunhais com o símbolo do seu foro: S. Miguel para os foros do cabido e a Roda de Navalhas de Santa Catarina para os da Mitra